Za pocetak deinstaliraj network-manager ili bilo koji drugi program koji petlja automatski (kao daemon ili proces) po mreznim interfejsima.
Ugasi prvo u BIOS-u interfejs koji ti ne treba.
Onda probaj da editujes
/etc/udev/rules.d/70-persistent-net.rules
i da izbacis ono sto ti ne treba, bazirano na MAC adresi.
i vidi sta imas u /etc/network/interfaces
restart...
O kom programu se radi, sta si tacno instalirao?