Najednostavniji način ti je screen program.
apt-get install screen
pokreneš screen i dobiješ virtuelni terminal, onda u njemu pokreneš svoju aplikaciju. Kada hoćeš da se otkačiš Ctrl+A+D, kada hoćeš da se zakačis "screen -r" i to ti je to. Mada to ti i nije pametno riješenje jer imaš malu kontrolu nad aplikacijom, može se lako desiti da prestane da se izvršava, itd...
Pogledaj na netu ima jako puno primjera kako da taj svoj web servis deploy-uješ na neki app server npr. tomcat. Evo, prvi link koji mi je google vratio:
http://www.mkyong.com/webservi...jax-ws-web-services-on-tomcat/
Mnogo je sigurnije stabilnije i dobijaš dosta prednosti koje ti nudi web server na kome ti je webservice instaliran.