Navigacija
Lista poslednjih: 16, 32, 64, 128 poruka.

SpikeFun - Artificial Nervous System Demo

[es] :: Veštačka inteligencija :: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo
(TOP topic, by Gojko Vujovic)
Strane: < .. 1 2 3 4 5 6 7 8 ... Dalje > >>

[ Pregleda: 133148 | Odgovora: 455 ] > FB > Twit

Postavi temu Odgovori

Autor

Pretraga teme: Traži
Markiranje Štampanje RSS

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo20.10.2011. u 21:38 - pre 152 meseci
Problem resen - 64-bitne verzije su ponovo dostupne, i trebalo bi da rade kako treba.
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

Nozzlezator

Član broj: 202103
Poruke: 113
*.dynamic.isp.telekom.rs.



+6 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo22.10.2011. u 15:36 - pre 152 meseci
Cim se otvori izleti app stoped

http://www.dodaj.rs/f/1X/2A/4T5z1s9Y/untitled.png
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo22.10.2011. u 15:54 - pre 152 meseci
Koji CPU imas?
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

Nozzlezator

Član broj: 202103
Poruke: 113
*.dynamic.isp.telekom.rs.



+6 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo22.10.2011. u 16:11 - pre 152 meseci
AMD Athlon II X2 245...
 
Odgovor na temu

Srđan Pavlović
Specijalna Edukacija i Rehabilitacija MNRO
Vojvodina, Bačka Palanka

Član broj: 139340
Poruke: 5571
*.static.abakusbp.net.

Sajt: www.oligofrenolog.com


+382 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo24.10.2011. u 18:38 - pre 152 meseci
Neki dan uzeh novu grafulju, 8800GTX ode u penziju, pa taman
da je malo przim sa ovim tvojim... bome, posle dugog rada ode
ona na 63 stepena... :)


Prikačeni fajlovi
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo24.10.2011. u 21:53 - pre 152 meseci
@Nozzlezator,

Thx, provericu na slicnoj masini - trenutno radim povece promene na modelu neurona (multi kompartmenti) sto ce potrajati neko vreme dok ne bude gotovo - pa cu onda uraditi poveci update.

U razvojnoj verziji sam dodao i simulaciju "intra-kranijalnog" EEG-a (kasnije cu dodati i fMRI BOLD simulaciju) - zanimljivo je da je u odredjenim konfiguracijama moguce dobiti spike&wave EEG, koji je tipican za epilepticne napade sa "odsutnoscu" (absence seizure).
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo25.10.2011. u 20:06 - pre 152 meseci
Btw,

Jako dobar tutorial za ljude koje zanima neuroinformatika:

http://www-users.mat.umk.pl/~philip/MFN2009/lecture9.pdf

Ovaj tutorial pokriva celokupnu teoriju oko modela neurona i sinaptickih receptora koje koristi SpikeFun.

Obratite paznju i na poslednjih nekoliko strana koje se bave nestabilnoscu forward-Euler metoda za numericko resavanje diferencijalnih jednacina Izhikevich-evog modela, zbog GABAa receptora (zbog oscilacija koje ce dici GABAa provodnost u nebesa, i totalno urnisati simulaciju) - meni je trebalo prilicno vremena da skontam sta se desava (davno bio u skoli ;-) - a evo sad vidim neko to lepo pokrio :-))

Videcu mozda i da ubacim Runge-Kutta metod ili bar eksponencijalni Euler (koji je pogodan za simulacije neurona)... decisions, decisions...
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

maksvel

Član broj: 107376
Poruke: 2417

Jabber: maksvel
Sajt: maksvel.in.rs


+161 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo25.10.2011. u 21:06 - pre 152 meseci
Zna li ovaj Jizikjevič (ili kako već) za SpikeFun?
Sigurno bi mu bio interesting.
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo25.10.2011. u 21:13 - pre 152 meseci
Ne verujem, doduse samarao sam ga pre nekoliko meseci oko njegovog modela neurona, ali to je bilo pre nego sto sam poceo da kodiram ovo.

Sumnjam da bi mu SpikeFun bio preterano interesantan, posto je on u 2004-toj terao simulator sa 100 milijardi neurona (yep, 100 milijardi) i 1.000.000.000.000.000 sinapsi (10^15) - model je trcao na beowulf klasteru sa 50 CPU-ova. Jedna sekunda modela se racunala 50 dana.

http://www.izhikevich.org/human_brain_simulation/Blue_Brain.htm

Ono sto je interesantno za taj njegov projekat je toliki broj neurona i sinapsi (uporediv sa ljudskim mozgom), bilo bi apsolutno nemoguce drzati sva njihova stanja u memoriji. To je reseno tako sto su sinapse stalno dinamicki kreirane u svakom koraku. Genijalan primer kako je nekad racunanje stvari iznova bolje nego skladistenje u memoriji.

Videcemo koliko ce meni trebati da to raspisem od nule :)
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo06.11.2011. u 22:27 - pre 151 meseci
V0.45 is out... download: http://www.dimkovic.com/node/7

A sa njom i podosta promena :)

Nove stvari:

- Multi-kompartmentalni neuroni (za sada samo piramidalni neuroni imaju vise kompartmenta, ostali stizu uskoro)
- Svaki neuron sada moze imati vise dendritskih stabala i svako stablo moze imati vise kompartmenta

- Napredniji model neurona (i dalje je Izhikevicev, ali sada i sa kapacitetom membrane i jos dodatnih parametara)

- Novi tipovi neurona zahvaljujuci naprednijem modelu:

-- Piramidalni (nekoliko pod tipova: kortikalni L2/3, L4, L5/6 i superficial sa "chattering" nacinom opaljivanja)
-- Spiny-stellate neuroni (kortikalni sloj 4)
-- Basket i non-basket GABAergicni interneuroni

U sledecoj verziji cu kompletirati tipove sa neuronima iz talamusa i retikularne formacije.

- Konacno: Viseslojni model korteksa (6 slojeva)

- Kortikalna simulacija koristi podatke (sinapticke veze i distribucija celija) iz Tom Binzegger-ove mape macijeg primarnog vizuelnog korteksa. Samo uvezivanje nije jos 100% kompletirano (jos nisu koriscena sva pravila zbog trenutno nedostajucih visestrukih aksona u mom modelu) ali u grubim crtama neuroni jesu uvezani na nacin na koji se uvezuju u zivoj sivoj masi.

- EEG simulacija: SpikeFun sada simulira i intra-kortikalni EEG (ako kliknete na neki neuron, prvi grafikon ce biti icEEG ako postoji dovoljan broj piramidalnih neurona u blizini izabranog neurona)

- fMRI BOLD simulacija: Takodje, sada je moguce simulirati i fMRI BOLD "pogled" ('F' taster na tastaturi). fMRI BOLD je u "realnom vremenu" jako spor proces u odnosu na brzinu opaljivanja neurona - a posto je SpikeFun visestruko sporiji od realnog vremena obicno, fMRI "slika" izgleda staticno.

Kortikalnu simulaciju mozete testirati sa SpikeFun.exe /SphereTest1 (ili jedan od 2 bat fajla) -- kreiranje neurona je vrlo neoptimizovano, inicijalizacija mreza vecih od 32K neurona traje jako puno vremena (ovo cu resiti u sledecih nekoliko dana ako budem imao vremena).

Takodje, simulacija sa multi-kompartmentalnim neuronima je vidno sporija :( Ovo ce potrajati dok ne zavrsim sam model neurona i algoritme za kreaciju mreza, a onda cu da se posvetim optimizovanju same simulaicje.

DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

bogdan.kecman
Bogdan Kecman
"specialist"
Oracle
srbistan

Član broj: 201406
Poruke: 15887
95.180.41.*

Sajt: mysql.rs


+2377 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo06.11.2011. u 22:44 - pre 151 meseci
sve efektnije zauzimas cpu :D
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo13.11.2011. u 19:47 - pre 151 meseci
v0.46 is out...

Download: http://www.dimkovic.com/node/7

- Ubrzana kreacija kortikalne simulacije (preko 10x)

Kod mene se simulacija od 373 hiljade neurona i 33.5 miliona sinapsi kreira za ~70 sekundi. Kreiranje simulacije je i dalje single-threaded, tako da se to moze jos prilicno ubrzati (jedini zez je sto ce morati da se raspise drugacije kako bi se izbeglo ubijanje performansi zbog sinhronizacije niti posto su neuroni prilicno "isprepleteni")

- Za 64-bitne verzije Dodati demo modeli "big" i "biggest", sa 262K/18M i 373K/33.5M neurona/sinapsi

Paznja: Big/Biggest modeli su >vrlo< zahtevni sto se svih resursa (grafickih i memorijskih) tice. Big simulacija zahteva oko 3.5 GB RAM-a, dok Biggest trazi oko 5.6 GB RAM-a. Takodje, vrlo lako moze da se desi da graficka kartica nema dovoljno VRAM-a za VBO objekte (Biggest zahteva oko 786 MB RAM-a za OpenGL VBO geometriju u HighGraphics modu) - ako dobijate OpenGL greske, editujte .bat fajl i dodajte /DisableVbo opciju. Sa ovim ce vrlo verovatno raditi (samo sto ce brzina rendera biti manje ili vise losija u zavisnosti od "pameti" grafickog drajvera)

- U kortikalnoj simulaciji je dodat bias za bliske post-sinapticke "mete", sto je bioloski realno (broj sinaptickih veza opada sa rastojanjem od aksona)


To je to za sad... Sledeci korak je dodavanje talamusa i senzornih ulaza, dopaminski-modulisane sinapticke plasticnosti, "racvajucih" aksona sa terminalima koji nisu ograniceni na kraj aksona, multi-kompmartmentalni modeli za ostale neurone (trenutno samo piramidalni imaju vise kompartmenta)

A onda.. modeliranje topologije i konekcija po pravoj topologiji mozga, uz pomoc MRI skenova i MRI DTI (Diffusion Tensor Imaging) vektora.

Posle toga, GPGPU i optimizacije, koje ce biti vise nego potrebne kad stignem do ovoga :)
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

mr. ako

Član broj: 65959
Poruke: 2367



+2294 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo14.11.2011. u 19:48 - pre 151 meseci
Meni ne rade ni ova ni prosla x64 verzija...


- Il n'est pas important qui, importe c'est quoi!
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo15.11.2011. u 00:28 - pre 151 meseci
:(

Kakvu gresku dobijas? Koju x64 verziju koristis (normalnu ili AVX)? Koji OS?

Kod mene x64 radi na 2 masine - jedna je i7 970 (Westmere generacija) a druga je i7 2620M (Sandy Bridge generacija).

DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

mr. ako

Član broj: 65959
Poruke: 2367



+2294 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo15.11.2011. u 03:30 - pre 151 meseci
Samo mi Win javi da je prog prestao da radi. Normalna ver. OS Win7 Pro.
Kod mene su oba AMD proca, ali sam probao samo na laptopu - nisam jos nijednom pokrenuo da desktopu...
- Il n'est pas important qui, importe c'est quoi!
 
Odgovor na temu

Texas Instruments

Član broj: 227540
Poruke: 272
95.180.72.*



+61 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo19.11.2011. u 13:42 - pre 151 meseci
Čisto da prijavim, isprobao sam sad sve četiri verzije sa RegularDemo.bat pokretanjem i ova Win64_Sandybridge ne radi. Pukne program pri pokretanju.
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo20.11.2011. u 20:26 - pre 151 meseci
Sorry :( 64-bitni SandyBridge je imao problem (koji sam resio, ali je i dalje totalno bizarno kako je taj problem uopste i postojao, a i samo "resenje" je vise patch...)

0.47 verzija to resava - download: http://www.dimkovic.com/node/7

@mr.ako - ako imas vremena probaj v0.47, mozda je isti problem kacio AMD sisteme posto je vezan za rutinu za detekciju CPU-a.

v0.47 donosi ponovo dosta poboljsanja:

Model talamusa

Od ove verzije kortikalne simulacije (CortexDemo_xxx.bat) imaju i talamus u "centru". Modelirani su talamicki relejni neuroni (specificni - senzorni, i ne-specificni), talamicki interneuroni i retikularni talamicki neuroni (RTN).

Model talamusa je vrlo vazan dodatak simulaciji, posto je sada moguce simulirati petlje (tzv. "talamo-kortikalne petlje") koje su otkrivene in-vivo i za koje su zaduzene projekcije aksona iz talamusa. Do pre izvesnog vremena se na talamus gledalo kao na prost "relej" koji salje signale iz senzornih organa korteksu - medjutim, novija istrazivanja su ovu teoriju potpuno oborila: kako stvari stoje, veza izmedju korteksa i talamusa je drasticno kompleksnija, i signali iz cula cine samo 7% - sve ostalo su unutrasnje sinapticke veze koje omogucavaju propagiranje signala u petljama (bukvalno u krug).

Poremecaji u talamo-kortikalnim petljama izazivaju potpun prestanak svesti (npr: "petit mal" epilepticni napadi) iako metabolicki korteks i dalje radi. Zbog ovog fenomena postoji dosta pristalica misljenja da se kljuc onoga sto nazivamo "svescu" nalazi u propagiranju signala kroz ove petlje.

Sada u simulaciji 'L' (ubacivanje stimulusa) zapravo ubrizgava struju direktno u talamicke neurone (specificne).

Ako malo bolje pogledate u grafickoj vizuelizaciji, aktivnost neurona bukvalno ima "eho" koji ima malo kasnjenje - to je direktan efekat talamo-kortikalnih petlji.

Hemisfere

Dodavanjem talamusa je ubacen i koncept hemisfera (do sada su aksoni bili slucajno razbacani). Talamus ima 2 hemisfere i svaka hemisfera projektuje neurone u istu hemisferu korteksa. Piramidalni neuroni iz kortikalni sloja 3 salju dugacke aksone u suprotnu hemisferu (in-vivo aksoni idu kroz corpus-callosum)

Za sada su lokacije po hemisferama i dalje slucajne, dakle jos nema mapa. Ovo ce biti dodato kasnije kada sferu budem zamenio pravim modelom mozga.

Velike Simulacije

- Dodata i "Huge" simulacija (CortexDemo_Huge) sa milion neurona i 200 miliona sinapsi. Paznja: ova simulacija trazi i do 32 GB memorije!

Optimizacije, bugfixevi..

- Resen problem koji je izazivao krah Sandy Bridge x64 verzije

- Kreiranje kortikalne simulacije je sada multi-threaded, gore pomenuta "huge" simulacija (1M neurona, 200M sinapsi) se kreira za oko 3:30 minuta kod mene

- Jacina sinapsi u vizualizaciji se sada prikazuje skalabilnim fontovima (ako zumirate, brojevi ce biti manji) kako bi se omogucila citljivost neurona sa velikim brojem sinaptickih receptora
DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

mindbound
LH+A

Član broj: 294004
Poruke: 6
217.199.125.*



+2 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo21.11.2011. u 18:29 - pre 151 meseci
Ivan, is there any possibility of getting one's eyes on the source code of this win?
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo22.11.2011. u 20:21 - pre 151 meseci
I'm afraid not at the moment, sorry - it is still in the very early stage and quite far from the state where I'd be proud if somebody takes a look at it ;-)

DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

Ivan Dimkovic

Administrator
Član broj: 13
Poruke: 16687
*.dip.t-dialin.net.



+7173 Profil

icon Re: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo27.11.2011. u 18:58 - pre 150 meseci
v0.48 is out :)

Citat:


v0.48 - Released on 27th November 2011
--------------------------------------

* Added multi-compartmental models for Spiny-Stellate and
Thalamocortical Relay cells (thalamocortical simulations only)

* Improved multi-compartmental model of Pyramidal neurons

* Support for limiting axonal laminar spreads - enabled for
demo cortcial simulation scripts containing >100K neurons

* Added precise spike timing detection (not locked to the
simulation time-step)



Sa ovom verzijom su svi pobudjujuci neuroni multi-kompartmentalni (Box/Cuboid simulaicje koriste point-neurone!).
Ostali su jos inhibitorni neuroni, sto ce biti dodato u toku sledecih nekoliko verzija.
Takodje, ispravio sam jedan bag gde piramidalni neuroni iz slojeva 5/6 nisu projektovali aksone u talamus.

Poceo sam da radim i na racvajucim aksonima - dodavanje opcije za ogranicavanje laminarnog "spread-a" aksona u v0.48 je neophodni preduslov. Sledeca stvar koja mora biti uradjena je dodavanje mogucnosti "racvanja" aksona i pravljenja stabla gde se "grane" dele na lokalne (bez mijelinskog omotaca) i (kod talamickih i nekih piramidalnih neurona) "long-distance" koji prolaze kroz belu masu i imaju mijelinski omotac.

Ovo zahteva malo vece promene u kodu kao i dodavanje delay-bafera i delay lookup tabela za svaku sinapsu. Do sada je akson bio jednostavni delay bafer gde su post-sinapticki ciljevi bili povezani sa aksonom na kraju, sto je implementaciju cinilo trivijalnom. Racvajuci aksoni ce to da zakomplikuju, mada je to i dalje relativno jednostavno. Veci problem je kako odrzati mogucnost crtanja necega sto lici na "pravu stvar" sto ce zahtevati posebne 3D tacke (samoj mrezi 3D tacke nisu potrebne - jedino sto je bitno je kasnjenje).

Dodao sam i preciznu detekciju kada je neki neuron "opalio":

Do sada je detekcija bila prosto ispitivanje da li je prag (vPeak) predjen u sledecoj iteraciji (t+1). Na zalost, ovim se uvodi greska u preciznosti - u slucaju Izhikevich-evog modela ta greska jeste stetna, zato sto ce spora reset varijabla ('u') akumulirati te greske vremenom, i samim tim prouzrokovati pogresno opaljivanje.

Resenje za ovo je jednostavno - ukoliko je u sledecem koraku (t+1) simulacije potencijal membrane veci od praga opaljivanja, za reset nece biti koriscen potencijal membrane u t+1, vec linearno interpolirana vrednost izmedju t i t+1.




DigiCortex (ex. SpikeFun) - Cortical Neural Network Simulator:
http://www.digicortex.net/node/1 Videos: http://www.digicortex.net/node/17 Gallery: http://www.digicortex.net/node/25
PowerMonkey - Redyce CPU Power Waste and gain performance! - https://github.com/psyq321/PowerMonkey
 
Odgovor na temu

[es] :: Veštačka inteligencija :: SpikeFun - Artificial Nervous System Demo
(TOP topic, by Gojko Vujovic)
Strane: < .. 1 2 3 4 5 6 7 8 ... Dalje > >>

[ Pregleda: 133148 | Odgovora: 455 ] > FB > Twit

Postavi temu Odgovori

Navigacija
Lista poslednjih: 16, 32, 64, 128 poruka.