Lično mislim da ste svi malo omašili stvar, ali to je samo moje lično mišljenje. Razlog za to je što SuperFetch ne kešira network pakete već samo statičke podakte najčešće pokretanih aplikacija i servisa. Dakle, ako je vaša aplikacija standardna client/server (dvoslojna), onda bi to trebalo da znači da klijenti uvek vuku podatke sa servera i (najčešće) ne keširaju podatke kod sebe (osim ukoliko se koristi neka optimizacija, što je obično slučaj samo sa statičkim datasetovima).
Ono što mene ovde zanima je u čemu je rađena ta aplikacija i šta koristi da bi pristupala MySQL serveru? Ni u jednom prethodnom postu to nije pomenuto a moglo bi da bude ključno za rešavanje problema.
Što se tiče Notepad problema, Windows 7 ima jednu glupost koja se ni meni ne sviđa, a to je da hoće da snima fajlove u Public Documents folder umesto u Documents folder tog korisnika. Ako se iz Notepada (ili bilo kog tekst editora na primer) napravi novi fajl i krene sa snimanjem, Windows standardno ponudi Library / Documents folder što može (ali ne mora) da upućuje baš na Public Documents folder. Pregledajte C:\Users\Publuc\Documents folder i proverite da li se tamo nalaze bilo kakvi fajlovi za koje znate da su pravili problem.
Ja koristim Windows 7 od dana kada se pojavio i nikada nisam imao ovakav problem. Radim aplikacije u Delphi i nikada nisam imao problem sa dobijanjem netačnih i/ili starih podataka iz baze. Jedini slučaj pod kojim bi SuperFetch mogao da pravi navedene probleme je ono što sam već naveo, odnosno da vaša aplikacija kešira podatke na klijentu koristeći lokalne fajlove, što bi moglo da navede taj servis da i njih keriša. Ukoliko klijent svaki put vuče podatke direktno sa servera i ne kešira ih u lokalu (osim u memoriji), onda ne bi ste trebali da imate ovakve probleme.
Ono što znam sigurno je da je SuperFetch stvarno pravio probleme ali u Windows Vista. Windows 7 je drastično poboljšan po pitanju keširanja i korišćenja memorije, naročito po pitanju iživljavanja sa hard diskom.
Još jednom, i pored toga što ste (navodno) rešili problem isključivanjem tog servisa, svakako bih vam savetovao da revidirate kako radi vaša aplikacija u kontekstu dovlačenja (i eventualnog keširanja) podataka sa servera. Ovo pre svega kažem zato što bi ste kasnije mogli da imate druge probleme. Takođe, redovni update Windowsa 7 obično rešava sve primećene probleme.
Inače, obzirom da si pomenuo da su računari u domenu, mnogi parametri rada klijentskih računara se definišu na domenskom kontroleru, pa bi trebalo i to proveriti, naročito zato što Windows Server 2008 uvodi mnoge novine upravo u domenu keširanja i poboljšanja performansi čitave mreže koju opslužuje. Postoje role koje su specijalizovane baš za to. Preporučujem da se dobro proveri koje su to role aktivne na serveru gde je MySQL server, jer i dalje po malo sumnjam da je uzrok vašeg problema potekao odande.
PS: Bogdane, nemoj toliko da mrziš Windows

Ja veoma poštujem Linux/Unix sisteme bez obzira što ima stvari zbog kojih ih mrzim, ali to ne trljam na nos svima ostalima.
"There is a theory which states that if ever anybody discovers exactly what the
Universe is for and why it is here, it will instantly disappear and be replaced by
something even more bizarre and inexplicable. There is another theory which states
that this has already happened."
-- Douglas Adams