Pa sluzi samo da Google verifikuje da si ti admin/webmaster/stagod tog dela (poddomena, direktorijuma) sajta.
Nema nikakvu drugu svrhu, niti posledice (bar koliko ja znam).
Isto je i sa html file-om koji mozes da postavis u root (ako imas privilegije nad celim domenom), a umesto meta taga.
Slicno je i sa text file-om koje trazi Yahoo Site Explorer.
Pogledaj njihove FAQ za vise detalja, u krajnjem slucaju.