Razlika je u tome sto su mngwin i cygwin portovi gcc kompajlera, po mnogima najboljeg kompajlera na svetu, samo ne verujem da sam ti ovim odgovorio ;).
Inace cyqwin je u stvari samo jedan dll fajl koji emulira unix okruzenje i sve sto kompajliras pod gcc koji radi pod cygwin moras da distribuiras uz daj dll fajl koji je cinimi se ~10 mb. Postoji opcija da novo kompajlirani program radi bez tog dll fajla ali tako se gubi mogucnost koriscenja unix specificnih stvari, sto ce reci u tom slucaju gcc pod cygwinom biva ko svaki drugi kompajler (manje vise ;).
I dalje ne znam koliko sam odgovorio na tvoje pitanje, al ajde ;)
Ivan Tanasic - Autoexes
>cd pub
>more beer