Koristeci Ubuntu 14 naisao sam na problem prilikom rada na projektu, naime index.php stranica se prikazuje normalno ali prilikom ucitavanja druge stranice prijavljuje se greska 404.
Probao sam isti projekat na Windows 7 i radi bez problema.
Isto moram da naglasim da sam na sve fajlove postavio dozvole da ja kao korisnik i kao grupa imam sva prava tako da tu nije problem...valjda.
Proveri mala i velika slova u imenima i ekstenzijama fajlova. Windows ne pravi tu razliku, ali Linux obavezno.
Dozvole, iliti permission, da nisu dobre, nemogu praviti 404 gresku.
Da li si gledao logove web servera? Obicno mozes videti sta zapravo ucitava tj, ako ti trazis domen.com/strana.php on ce to prevesti na apsolutnu putanju na fajl sistemu tipa /usr/share/web/projekat/public/strana.php