Ok, konacno sam povezao loncice

da nisi ovo pokrenuo ne bih ovo ni provalio.
Evo sta se desava.
1. Ne moze se registrovati samo preko manifesta, a razlog za to je:
2. SQL CLR uopste ne koristi CLR, ne samo da ne zna da ucita assembly iz GAC-a vec to ni ne pokusava jer:
3. kad registrujes assembly sa CREAT ASSEMBLY SQL ucita DLL i (pazi sad ovo) smesti njegov id u master.sys.assemblies a KOMPLETAN DLL binary (da, ceo fajl) smesti u varbinary polje [content] u tabeli master.sys.assembly_files
Kad mu zatreba instanca tipa iz asemblija SQL CLR instancira asembli i sam tip direktno iz svojih master tabela, verovatno sa Assembly.Load(byte[]), dakle ne ucitava sa diska i ne ucitava iz GAC-a. Sto se njega tice nakon sto registrujes mozes slobodno i da obrises dllove sa diska.
Ovo sad objasnjava i tvoj drugi problem, kad uradis CREATE ASSEMBLY sa velikim asemblijem, isti ide u master-ov transaction log

kao deo INSERT INTO sys.assembly_files transakcije.
Sloba je za 12 godina promenio antropološki kod srpskog naroda. On je od jednog
naroda koji je bio veseo, pomalo površan, od jednog naroda koji je bio znatiželjan, koji
je voleo da vidi, da putuje, da upozna,
od naroda koji je bio kosmopolitski napravio narod koji je namršten, mrzovoljan,
sumnjicav, zaplašen, narod koji se stalno nešto žali, kome je stalno neko kriv - Z.Đinđić