Pa... Na primer, posle formatiranja i kopiranja fajlova dolazi prvi restart. Ako si nakon toga opet udario
Press any key... eto ti bespotrebno drugog reda (u tom slučaju će se Windows podići bez obzira koji izabereš). To je samo jedan primer, voleo bih da vidim šta piše u tom fajlu.
Inače, nije bitno kako se to stvorilo, instalaciona procedura ne piše tek tako bez veze po tom fajlu. Važno je da se to može popraviti.
Boot.ini se lako edituje i iz samog Windows-a (Control Panel -> System -> Advanced -> Startup and Recovery -> Settings -> System Startup -> Edit). Lako je editovati, ali šta to treba editovati. Evo ti moj
Boot.ini pa ga napravi da budu isti.
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINDOWS="Microsoft Windows XP Professional" /fastdetect
Pre nego što sve zezneš

pokaži nam ovde tvoj
Boot.ini i kaži nam šta se inače dešava kada izabereš prvi, odnosno drugi ponuđeni sistem.