> Da li bih nekako mogao da odredim koordinate misa unutar npr. nekog prozora Windows Explorera (znaci relativne koordinate u odnosu na Explorer)?
GetCursorPos će ti vratiti trenutnu poziciju miša, pomoću GetWindowRect možeš dobiti poziciju prozora i dalje sa ScreenToClient (ili ručno) možeš pretvoriti ekranske kordinate u kordinate prozora.
> Da li bih mogao da hvatam dogadjaje MouseMove, MoseDown, MouseUp u Exploreru?
Naprabi mouse hook za prozor windows explorera, pogledaj SetWindowsHookEx i WH_MOUSE, mislim da je bilo i nekih primera.
> Da li bih npr. mogao da selektujem fajlove u Exploreru, a da iz moje aplikacije znam koji su to faljovi (da imam njihove putanje)?
Teško, da su kopirani ili da je počeo Drag&Drop bilo bi lakše. Pokušaj sa ovime, WE bi trebalo da koristi ListView za prikaz sadržaja, to možeš proveriti pomoću WinSight ili Spy++, takođe iz njih prati šta se dešava, koje poruke prozor dobija kada se selektuju fajlovi. Ako je zaista ListView onda bi LVM_GETSELECTEDCOUNT, LVM_GETSELECTIONMARK i LVM_GETITEMSTATE, a možda postoji i neka specifična poruka za select listu.