http://jeremy.zawodny.com/mysql/mysql-backup-and-recovery.html
Pregledaš ovaj slide show, pokupiš ključne reči koje te zanimaju i staviš ih na papir.
Onda posetiš dve lokacije na netu za svaku od tih reči. Prva je mysql.com/doc pa pretraži dokumentaciju mysql-a za tu ključnu reč. Druga je google.com, pa pronađi dodatnu literaturu o tome. I tako moraš za sve što ti nije jasno sa slideshow-a.
MySQL ima solidno dobru dokumentaciju, a PHP još bolju.
Najlakše će biti da napišeš skriptu za cron koja će dumpovati bazu u određeno vreme i snimati to na disk. Način na koji će to raditi zavisi od mnogo parametara zato što nije isto dump raditi na innodb i na myisam tabelama, a dodatni faktori koji tu utiču su i posećenost sajta, tip kverija kojih ima najviše u tom trenutku, da li sajt može da ti radi na par minuta dok traje dump samo sa read query-jima, itd. O tome ćeš dobiti ideju tek kada pročitaš dokumentaciju.
Druga opcija je, ako imaš managed hosting, da tražiš od njih da ti dnevno u neko doba noći backupuju bazu i stavljaju to u neki skriveni direktorijum.