Mislim, ukoliko imaš upload direktorijum kome se može direktno pristupiti, onda bolje da zaboraviš na sve savete koje si dobio u ovoj temi jer jednostavno, nisu od pomoći.
Ako ti meni omogućiš upload u taj javni direktorijum i ja fajl <?php phpinfo(); ?> phpinfo.php dignem na tvoj server, normalno je da će mi
http://filipc.trap17.com/psite/data/uploads/phpinfo.php trčati lepo.
Ti možeš da napraviš poseban skript kojim bi trebalo da se vrši download svih fajlova, ali dogod im se može direktno pristupiti,... jedino da preimenuješ ekstenziju fajla u .txt ko što reče Alex.
Ideja downloada je da bude organizovan kroz program (ono s hederima), ali je osnovno da skloniš podatke, fajlove, na neko sigurnije mesto.