pa da, najčešće se za takve primene koristi neko kodiranje (i to najčešće base64), ali ja stvarno ne mogu da se setim razloga zašto bi to radili..
bez obzira šta joj se prosledi, svaka xml biblioteka bi morala na izlazu da daje uvek "validan" xml fajl, a svaki validan xml fajl se može učitati svakom xml bibliotekom..
jedino što mi pada na pamet kao razlog zašto se obično to kodira je možda mogućnost da se razultujući xml fajl može "sigurno" editovati u običnom textualnom editoru..
dakle ako ne nameravaš ručno da edituješ podatke, slobodno piši binarni sadržaj u xml..
(btw, šta ti je tačno "java matrica", i zašto bi je uopšte pamtio u binarnom obliku ako je to običan dvodimenzionalni niz..)