Da, privremeni fajlovi su u /tmp i /usr/tmp koji je najčešće samo meki link na /tmp.
Da ih obrišeš pređi u runlevel 1 sa komandom "init 1", tj. u jednokorisnički mod, chdir /tmp i obriši sve fajlove sa rm -rf *
Eventualno pogledaj i /usr/tmp
U višekorisnički mod se vraćaš sa init 3, na mojoj distribuciji (Slackware), na SUSE 6.4 prelaziš u višekorisnički mod sa init 2. Pogledaj /etc/inittab.
Naravno, ovo važi za SYSTEM V UNIX (LINUX,UNIXWARE,IRIX,SOLARIS.HPUX,IBM AIX) a ne za BSD (FreeBSD,OpenBSD,NetBSD,BSD-OS 5.0) gde runlevel predstavlja nešto sasvim drugo...
EDIT: /var/tmp takođe može biti temp direktorijum.
Najbolje je montirati tmpfs kao shmfs (tmpfs), pa će sistem sam brisati /tmp prilikom shotdowna/reboota.
Dodaj sledeću liniju u /etc/fstab
tmp /tmp tmpfs default 0 0