neki tvrde da je za google bolje da su svi fajlovi u root-u, ali to je
1) spekulacija
2) možda samo osobina trenutnog algoritma, i podložno promeni
koliko sam ja skapirao google, oni svoj algoritam stalno usavršavaju i njegove rezultate približavaju ljudskom poimanju "dobrog sajta". počev od organizacije fajlove, preko strukture svake stranice, pa do učestalosti linkova i drugih elemenata na stranici..
dakle, i ja predlažem drugu varijantu, jer je definitivno bolja organizacija, gledano i iz ugla posetioca sajta, i iz tvog ugla (olakšava održavanje). ako već google ne ceni trenutno ovu organizaciju, moguće da će to početi u bližoj ili daljoj budućnosti ;)