I ne treba da navikneš, pošto se to ne dešava (,,nedefinisano ponašanje'').
Čak i kada su u pitanju greške u softveru, i one se vrlo precizno odvijaju, bez odstupanja.
Proveri da ti neki drugi alat (npr. neki SuSe alat, YaSt ili kako se već zove) ne prepisuje httpd.conf po pokretanju sistema (boot). Ako sumnjaš, skini dozvolu za pisanje za sve korisnike (pa i vlasnika, root-a) sa chmod uog-w httpd.conf, i onda probaj ponovo.
A za bilo koji korisniji savet, preporučujem da daš više podataka, jer niko ovde nije ,,diplomirani astrolog'' :)
Pozdrav
Možda se moje mišljenje promenilo, ali ne i činjenica da sam u pravu.