FAT32 je u proseku brži, mada se to primeti tek posle dužeg korišćenja, a zahvaljujući veličini klastera, koja je kod NTFS-a manja.
Bez obzira na ovu, prividno dobru, osobinu, FAT32 je prilično inferioran fajl sistem, a pre svega zbog NEsigurnosti i zastarelosti. I dok je pitanje zastarelosti samo po sebi jasno, "sigurnost" ne shvataju svi na isti način. Laici su skloni da poveruju da su pod NTFS-om "zaštićeni od hakera, virusa i koječega", a u stvarnosti je dobitak bitno različit od takvih ideja, ali svakako ozbiljan. NTFS je zbog svoje (naprednije) arhitekture prilično teže ugroziti nepažljivim radom, nego što je to slučaj sa FAT/32 sistemom, koji ima velike šanse da pukne pri gotovo bilo kakvom "nasilnom" restartu.
Kada se na sve doda i problem veličine pojedinačnih fajlova (posebno izražen poslednjih godina, kada su veliki fajlovi sasvim uobičajeni), stvar postaje još jasnija.
Ukoliko je potreban odgovor tipa "Da/Ne", onda su kolege već odgovorile - "DA" je definitivna preporuka.
Pozdrav