Kao prvo onaj disk s kojeg dižeš windowse koje koristiš, stavi kao primary master.
E sad, koliko shvaćam ti pitaš hoće li se podaci pobrisati i nestati na nekoj x particiji ako ti formatiraš y particiju? Odgovor je neće naravno. Format na y particiji ( u tvom slučaju je y pod brojem 3 na wd-u) briše podatke samo na toj particiji.Nema nikakvog utjecaja na ove ostale dvije. Usput, možeš koristiti i razne programe za povrat particije tipa acronis disk director suite ako neželiš formatirati.Također ti predlažem da pregledaš taj disk i tu "problematičnu" particiju s nekim utility alatom.
( i PM ima svoj "check disk" )