To je zato sto oba AVCHD i BluRay imaju standardizovane rezolucije odnosno za HD jedino podrzane 1280x720, 1440x1080, 1920x1080, tvoj mkv verovatno ima kropovanu rezolucija koja nije po probpisu za Blu-Ray ili AVCHD. I zbog toga ti se desava takva pojava. Sa druge strane razlog sto kada pustis m2ts file onda ga ne pustas kroz strukturu i player ne moze odnosno ne zna da postoji subtitl, a slika izgleda normalno zato sto onda PS3 pusta kao media file.
Sta mozes da uradis, mozes da uzmes besplatni UncropMKV
http://multiavchd.deanbg.com/uncropMKV.php i da prepakujes MKV. Brzina prepakivanja zavisi od tvog procesora, ali takodje imaj na umu da se gubi i nesto na kvalitetu jel se ceo stream nanovo rekomresuje, ali je svakako dosta brze nego da ga sam rekomresujes.
Inace nadam se da koristits tsMuxeR_1.10.0(a) to je zadnja verzija, ima dosta izmena kao recimo MP4 input itd... A sto se tice brzine tu nije nista cudno jel ti taj mkv jednostavno prevodis u m2ts to je obicno prepakivanje.