Nedavno sam imao sličan problem, uspešno sam ga rešio, pa da podelim rešenje sa vama :)
Imao sam problem da su se stranice sa html ekstenzijom prikazivale normalno, dok su stranice generisane iz PHP-a imale pogrešan encoding, bez obzira što je u source-u naveden encoding.
Problem je bio u tome što su vlasnici servera podesili default_charset u PHP.ini fajlu na Windows-1251.
Rešenje je sledeće:
Upisati u .htaccess fajl
Code:
AddDefaultCharset UTF-8 (ili OFF, onda browser detektuje encoding iz sourcea)
<IfModule mod_php5.c>
php_value default_charset none
</IfModule>
<IfModule mod_php4.c>
php_value default_charset none
</IfModule>
Posle ovoga bi trebalo da radi :)