Manifest fajl nema veze za .Net-om, to je deo OS-a, zapravo XML fajl kojim odredjujes dodatne zavisnosti (npr. verzije biblioteka koje koristi tvoja aplikacija koje nije definisano u .config fajlu), izmedju ostalog i vizuelni stil koji ce tvoja aplikacija da koristi. Ali, ako ne znas sta je to, onda sigurno to nisi ni koristio, znaci nije do toga
Zaista nemam ideju sta moze da bude problem, jer nikada nista slicno nisam video, a windowsove teme ne bi smele da overriduju boje koje si eksplicitno odredio za kontrole.